土日祝日や連休中、特に11:00〜14:30の時間帯はチケット売り場および館内が混み合います。ストレスなく鑑賞するための黄金ルートは、「開館直後（9:30または10:00）の初回枠に入場する」か、あるいは「15:30以降の夕方枠を狙う」ことです。夕方の時間帯はファミリー層が退館し始めるため、クラゲワンダーや大水槽前で静かに過ごすことができます。
館内カフェで提供される「すいぞくかんパフェ」や愛嬌たっぷりの「オオサンショウウオまん」はSNSでも大人気ですが、本格的なランチを検討しているなら水族館周辺の梅小路エリアが充実しています。
梅小路公園内にある「緑の館 レストラン」で庭園を眺めながら京野菜ランチを楽しむのも心地よく、高架下の複合商業施設「梅小路ポテル京都」周辺には、こだわりのスペシャルティコーヒー店やピッツェリアが点在しています。水族館見学の前後にゆったりとしたカフェタイムを挟むことで、旅の充実度が何倍にも膨らみます。
