超常の力を持ちながら、生徒たちにどこまでも寄り添った殺せんせーの正体は、かつて裏社会で恐れられた世界最高の殺し屋「初代死神」でした。冷酷な暗殺者だった彼は、弟子に裏切られて捕獲され、柳沢の研究施設で過酷な反物質生体実験の被験者となった経緯を持ちます。
その過酷な研究所で出会ったのが、監視員を務めていたE組の元担任・雪村あぐりでした。無邪気で心優しい彼女との交流を通じて、死神は初めて人間らしい心と愛情を知ることになります。
しかし、実験体の体内で反物質が暴走し、翌年3月には確実に爆発して地球を滅ぼす運命にあることが判明。研究所からの脱出劇の最中、柳沢の兵器の暴発から死神をかばったあぐりは致命傷を負ってしまいます。彼女が息を引き取る間際に託した「あの子たちを教えてあげて」という最期の願いを受け継ぎ、死神は異形の超生物へと姿を変え、3年E組の担任教師「殺せんせー」として教壇に立つことを決意したのです。
