軍艦島コンシェルジュの集合・乗船場所は、大浦天主堂やグラバー園の最寄りエリアに位置する「常盤桟橋（長崎市常盤町）」です。長崎駅から向かう場合、路面電車（長崎電気軌道5号系統）に乗車し、「大浦海岸通り」電停で下車すれば徒歩約1〜2分で到着します。長崎港大波止ターミナルとは場所が異なるため、集合場所を間違えないよう事前の確認が欠かせません。
海上ツアーである以上、台風や強風、高波による「欠航」や「上陸不可（周遊クルーズへの切り替え）」の可能性は常に存在します。同社では、当日の朝までに気象・海象状況を綿密に判断し、運航可否を公式サイトやメールで迅速に告知しています。悪天候によって完全欠航となった場合はツアー代金が全額返金されるほか、上陸が叶わず周遊のみとなった場合も上陸施設使用料等の差額返金やミュージアムでの手厚いフォローが行われます。旅行保険や日程の柔軟性を持たせ、可能であれば長崎滞在の初日にツアーを組み込むのがリスク回避のベストプラクティスです。
