軍艦島ツアーの予約開始日は船会社によって異なりますが、一般的には乗船希望日の2ヶ月〜3ヶ月前の同日（または月初）にスタートします。旅行日程が決まり次第、各社の予約カレンダー公開スケジュールを把握し、受付開始と同時にエントリーするのが基本戦略です。
また、予約を取るだけでなく「実際に島へ上陸できる確率」を考慮することも欠かせません。季節別の上陸率データを見ると、春（4月中旬〜5月）と秋（10月〜11月）は海が比較的穏やかで、高い上陸成功率を記録する傾向にあります。逆に、梅雨時期の6〜7月や台風シーズンの8〜9月、冬型の気圧配置で北西の季節風が強まる12〜2月は欠航や周遊への切り替えが増加します。
時間帯としては、午後に比べて朝一番の午前便（第1便）の方が、風や波が立ちにくく上陸しやすい日が多いとされています。
