丸善やジュンク堂書店における店頭在庫は、大日本印刷（DNP）グループが運営するハイブリッド型総合書店ネットワーク「honto」のデータベースに統合されています。店頭の検索機（検索端末）に並ぶことなく、手元の端末から即座に確認する方法は主に「WEBブラウザ検索」と「honto with アプリ」の2系統が存在します。
ブラウザからアクセスする場合、hontoのトップページから書籍名やISBN（国際標準図書番号）、著者名を入力して検索し、商品詳細ページの「店舗お受け取り」または「店舗在庫・取り置き」タブを選択します。ここからエリアや都道府県を選択することで、丸善ジュンク堂 在庫確認が一覧で表示されます。会員登録をしていないゲスト状態でも在庫の有無（在庫あり・僅少・在庫なし）を閲覧できる点が大きなメリットです。
一方、日常的に書店を利用するユーザーにとって圧倒的に利便性が高いのがhonto with アプリです。アプリ内にお気に入りの「My店舗」を登録しておけば、検索窓に書名を入れるだけで、登録店舗の在庫ステータスが一画面に集約されます。さらに、巨大店舗として名高いジュンク堂 池袋本店 在庫を調べる際にも、地下1階から9階までのどのフロア・どの棚番（列番・棚段）に置かれているかがグラフィカルに表示されるため、入店から本を手に取るまでの所要時間を大幅に短縮できます。
