都市圏からの来訪者が最も戸惑うのが運賃の支払いシステムです。結論から言えば、南国交通や鹿児島交通が運行する鹿児島空港連絡バスの車内運賃箱では、SuicaやPASMO、ICOCAといった全国相互利用の交通系ICカードを直接タッチして精算することはできません。鹿児島エリアでは長年、地域独自ICカード（Rapica・いわさきICカード）が主流となってきた歴史的背景があるためです。
ただし、キャッシュレス決済の手段が皆無というわけではありません。鹿児島空港バスではクレジットカードのタッチ決済（Visa、JCB、American Express、Mastercardなど）に対応した専用端末の導入が全車両で完了しています。タッチ決済機能付きのクレジットカードや、同カードを設定したスマートフォンを乗降時にリーダーにかざすだけで、事前のチャージなしにスムーズな支払いが可能です。
手持ちのカードがタッチ決済に対応していない場合は、空港ターミナル前のバス乗り場付近や鹿児島中央駅バスターミナルに設置された自動券売機で事前に紙の乗車券を購入する形となります。券売機では現金のほか一部キャッシュレス決済にも対応しているため、乗車直前の混雑を避けるためにも、手荷物を受け取った直後のタイミングで購入を済ませておく立ち回りが極めて有効です。
