吉川旅館の宿泊料金は、1泊2食付きで1名あたり40,000円〜75,000円前後（2名1室利用時・税サ込）が標準的な価格帯です。桜や紅葉のトップシーズンには料金の変動がありますが、提供される料理の質と空間価値を考慮すれば、十分に納得できる設定といえます。
予約は公式ウェブサイトのほか、主要宿泊予約サイト（一休.com、じゃらん、楽天トラベル等）で受け付けています。部屋数が非常に少ないため、週末や連休、観光シーズンの宿泊は3〜6ヶ月前の早期予約が推奨されます。ランチ利用のみの場合でも事前の電話またはオンライン予約が欠かせません。
