事態を重く見た学校側は、外部の弁護士や有識者からなる第三者委員会を立ち上げ、事実関係の調査に乗り出した。後日取りまとめられた調査報告書では、長期間にわたるいじめ行為の存在が明確に認定され、被害生徒が受けた精神的苦痛の深さが詳細に記述されている。
一方で、発覚当初の学校側の対応をめぐっては組織的隠蔽の噂も根強くささやかれた。関係者の証言によると、問題が表面化した初期段階において、事態の矮小化や外部への情報流出を防ごうとする動きがあったとされる。名門校としてのブランド価値や伝統を守る姿勢が、結果として被害の拡大を招いたのではないかという批判は、今なお消えていない。
