本作が巻き起こした炎上騒動の最大の引き金となったのは、日本で唯一「こうのとりのゆりかご（赤ちゃんポスト）」を運営する熊本市の慈恵病院による記者会見と放送中止・謝罪の申し入れでした。病院側は、劇中で赤ちゃんポストに預けられた過去を持つ主人公が「ポスト」と呼ばれていることや、施設職員による高圧的な言動が、預けられた子どもや施設関係者への偏見・差別を助長すると強く抗議しました。
さらに全国児童養護施設協議会なども抗議声明を発表し、騒動は瞬く間に全国的なニュースへと拡大。ネット上では「子どもたちの尊厳を傷つけている」という厳しい批判が上がる一方、「問題提起としてのフィクションを規制しすぎるべきではない」「親の身勝手さを鋭く突いている」といった擁護論も噴出し、世論を二分する激しい議論が巻き起こりました。
この社会的混乱を受け、番組のスポンサー企業全8社（花王、日清食品、三菱重工など）は相次いで提供クレジットの表示を取りやめ、第3話以降はすべてのCMが公共広告機構（現：ACジャパン）の広告に差し替えられるというテレビ界史上極めて異例の事態に陥りました。番組関係者や制作陣へのプレッシャーは極限に達しましたが、日本テレビ側は演出の一部を微調整しつつも「最後まで子どもたちの成長と愛情を描き切る」として放送継続を決断したのです。
