もじゃこというユニークな名前の由来は、その特殊な生態に深く根ざしています。春先に産卵されたブリの卵は孵化後、沖合を漂流する「流れ藻（ホンダワラなどの海藻）」の周りに集まり、隠れ家にしながら成長します。この「藻につく雑魚（じゃこ）」が転じて「もじゃこ」と呼ばれるようになりました。
もじゃこの主な生息地は、東シナ海から日本列島の太平洋岸を北上する黒潮および対馬暖流の流域です。特に九州南部（鹿児島県・宮崎県・長崎県）や四国（高知県・愛媛県）の沖合は、一大生息エリアとして知られています。
自力で長距離を力強く泳ぐ遊泳力がまだ備わっていない幼少期、もじゃこは流れ藻に寄り添いながらプランクトンや小型甲殻類を捕食し、黒潮の温かい潮流に乗って北上していきます。外洋の過酷な環境を生き抜くための賢い生存戦略といえます。
