もんじゅが「金喰い虫」と厳しく批判され続けた最大の理由は、投じられた莫大な国家予算と、それに見合わない極端に短い運転実績にあります。
もんじゅの着工から廃炉決定までに投じられた国費は累計で約1兆2,000億円にのぼります。内訳を見ると、建設費におよそ5,900億円、長期停止中も含めた維持管理費・改修費・人件費に6,000億円以上が費やされました。運転停止中であっても、液体ナトリウムが固化しないようヒーターで200度前後に保温し続ける必要があり、稼働していなくても1日あたり数千万円単位の維持費が消えていく構造でした。
これほどの巨費を投じながら、1991年の初臨界から2016年の廃炉決定までに発電運転を行った期間は通算でわずか250日にすぎません。得られた発電実績に対して投じられたコストは天文学的な水準であり、エネルギー政策の壮大な誤算として歴史に刻まれています。