事態を重く受け止めたのは、学校の母体であるパーフェクト リバティー教団だった。「人生は芸術である」という教義のもと、自己表現と調和を尊ぶ教団にとって、相次ぐ不祥事や世間からの過剰なバッシングは学園の存在意義を根底から揺るがす事態だった。
教団側は専門的な指導者の招聘を見送り、野球経験のない校長が監督を兼任する異例の措置を断行。勝利至上主義からの脱却を図ったものの、指導体制の崩壊はスカウティングの停止を招き、2016年夏を最後に部員募集は完全に停止された。事実上の休部、そして廃部状態への移行は、教団としての苦渋の選択であり、時代の変化に対する決断でもあった。
