目黒寄生虫館を訪れる計画を立てる際、誰もが驚くのが「寄生虫博物館の入館料は原則として無料」という事実です。公立の施設ではなく私立の研究博物館でありながら、誰でも自由に入館できる体制を頑なに貫いています。
最新の施設運営データによると、開館時間は午前10時から午後5時まで、休館日は月曜日・火曜日（祝日の場合は翌平日）および年末年始です。予約不要でふらりと立ち寄れる気軽さこそが、多くの来館者を呼び込む最大の要因となっています。
しかし、無料であることは「経営が潤沢であること」を意味しません。公益財団法人目黒寄生虫館は、入館料による固定収入を持たず、基本財産の運用益や入館者の自発的な寄付金、そしてミュージアムグッズの売上によって支えられています。物価高や施設維持費の高騰に伴い、過去にはクラウドファンディングで運営資金を募り、目標額を大きく上回る数千万円規模の支援が集まったことでも大きな話題となりました。館内には寄付箱が設置されているほか、オンラインを通じた継続寄付の仕組みも整備されており、来館者の良心と知の継承を尊ぶサポーターコミュニティによって、2026年の現在もその貴重な展示空間が無償で守られています。
