出口戦略である那覇国際高校進学実績は、県内進学校としての真価を示す重要なバロメーターです。毎年の国公立大学合格者数は150〜180名前後を維持しており、琉球大学への進学者が最も多いボリュームゾーンを形成しています。
注目すべきは、開邦高校との難易度比較における進学先の内訳の違いです。開邦高校が東京大学、京都大学、国公立大学医学部医学科へ二桁規模の合格者を輩出する「超難関・国公立特化型」であるのに対し、那覇国際高校は国公立大学医学科の合格者数では開邦に及びません。その代わり、九州大学や大阪大学、筑波大学といった本土難関国立大に加え、早稲田大学、慶應義塾大学、上智大学、MARCH、関関同立といった本土有名私立大学への合格比率が極めて高いのが特徴です。
特に国際科の生徒は、総合型選抜（旧AO入試）や学校推薦型選抜をフル活用し、英語資格を武器に国際基督教大学（ICU）や立命館アジア太平洋大学（APU）、さらには海外の提携大学へ羽ばたくケースが目立ちます。国公立一本槍ではなく、多彩な入試ルートで本土・海外の有力校へ進むルートが開かれている点が、那覇国際の大きな強みです。
