男性恐怖症は、生まれつきの体質だけで発症するものではありません。心理臨床の現場における詳細なケーススタディによると、その根底には「過去の対人トラウマ」と「無意識の防衛機制」が複雑に絡み合っています。
主な根本原因は、大きく分けて以下の3つのパターンに集約されます。
1. 幼少期の家庭環境と威圧的な父親との関係
家族社会学および愛着理論の観点から最も多く指摘されるのが、父親との不健全な関係性です。怒鳴り散らす、暴力を振るう、あるいは過度な支配・モラルハラスメントを行う父親のもとで育った子どもは、「男性＝予測不能で恐ろしい攻撃者」という強固な内的ワーキングモデル（無意識の人間関係テンプレート）を構築してしまいます。大人になって父親から離れても、上司や同僚の男性の中に「父親の影」を無意識に投影してしまい、恐怖のフラッシュバックが誘発されます。
2. 思春期以降の性被害・いじめ・痴漢等の直接的トラウマ
学校での男子生徒からの執拗なからかいや容姿いじめ、通学時の痴漢被害、ストーカー、あるいは交際相手からの性暴力やDVなど、身体的・精神的なバウンダリー（境界線）を暴力的に侵害された経験は、急性ストレス障害（ASD）を経てPTSD（心的外傷後ストレス障害）へと移行します。この場合、加害者個人だけでなく「男性という属性全体」がトリガーとなって警報装置が作動します。
3. 職場における男性不信とジェンダーギャップの歪み
社会人になってから発症するケースでは、権力を笠に着た男性上司からのセクシャルハラスメントや威圧的な叱責が契機となります。厚生労働省の労働環境調査等でも長年議論されている通り、逃げ場のない閉鎖的な組織環境下で長期的なストレスに晒され続けると、大脳皮質による理性的な制御が機能不全に陥り、特定の属性に対する条件反射的な恐怖反応が固定化されます。
