本作の核となるのが、10歳の若さで命を絶った天才プログラマーのヒロキ・サワダと、彼が自らの意識を移植して遺した自律型AIノアズ・アークです。ノアズ・アークが仕掛けたデスゲームは、一見すると日本を支配する特権階級の子どもたちを抹殺し、日本を強制的に再生させるための復讐劇に見えます。しかし、物語が進むにつれてその恐るべき計画の真意が「子どもたちの成長と自立」であったことが明かされます。
物語のキーマンとして描かれるのが、副総監の孫である諸星秀樹です。傲慢だった彼が、ゲーム序盤で姿を現したノアズ・アークによって意識を奪われ、実はノアズ・アーク自身が諸星秀樹に扮してコナンたちと共に行動していたという展開は、ミステリーとして屈指の完成度を誇ります。作中には、この真相を示唆する伏線が随所に散りばめられていました。
たとえば、ゲーム開始直後に諸星が真っ先にコナンたちに合流し、普段の言動とは異なり危険を顧みず仲間を助ける行動に出る点、そして彼が一度も現実世界の記憶に触れない不自然さです。ヒロキは自分と同じ年頃の友だちと本気で遊び、助け合い、絆を確かめ合いたかった――。過酷な英才教育によって子どもらしい遊びを一切奪われ、大人たちの金儲けの道具として追い詰められたヒロキ・サワダの孤独な魂が、最後にコナンたちとの友情を通じて救済される幕切れは、涙なしには観られません。
また、19世紀末の霧深きロンドンで繰り広げられる切り裂きジャック（Jack the Ripper）の追跡劇も見事なギミックに満ちています。ジャックの正体が親の歪んだ教育と血統主義の犠牲者であったという設定は、トマス・シンドラー社長の動機やヒロキの生い立ちとも鏡写しになっており、全編にわたって「親が子に背負わせる呪縛」というテーマが一貫して描かれています。
