参拝者の間で圧倒的な人気を誇る体験が「水みくじ（縁結び水占い）」です。SNS上でも水面に文字が浮かび上がる幻想的な動画が拡散され、若い世代から大人の旅行者まで列を作る光景が日常となっています。
水みくじの具体的な拝受と鑑定の手順は以下の通りです。
まず本殿へ参拝を済ませた後、授与所にて「水みくじ」（初穂料300円）を拝受します。この時点では紙面は真っ白で、何も印刷されていないように見えます。おみくじを手に入れたら、本殿の北側に広がる鎮守の森「生田の森」へと足を進めます。
森の中央付近に、木漏れ日が差し込む澄んだ小さなせせらぎ「生田の池（神池）」があります。池の畔に設けられた浸し処で、水みくじを静かに水面に浮かべます。すると、清らかな神水を含んだ紙に、数秒から十数秒ほどで徐々に朱色の文字がくっきりと浮かび上がってきます。
浮かび上がる内容は、総合運勢（大吉・中吉など）に加え、「色」「願い事」「待ち人」「恋愛」「相性」など、縁結びに特化した具体的かつ示唆に富む神託です。文字を読み終えた後は、森の中に設置された専用のおみくじ結び処に心を込めて結び留めるか、あるいは清浄な水分を拭き取ってお守り代わりに持ち帰る参拝者も多く見られます。鬱蒼とした木々に囲まれた静寂の中で、水面と対峙する数分間の体験は、自らの深層心理を見つめ直す豊かなマインドフルネスの時間をもたらします。
