日本（成田・羽田・関西）からマスカット国際空港への定期的な日本発直行便は、2026年現在も就航していません。そのため、オマーンへ向かう際は中東主要都市またはアジアのハブ空港を経由するフライトを利用するのが基本ルートとなります。
最も選ばれているのは、エミレーツ航空（ドバイ経由）やカタール航空（ドーハ経由）、エティハド航空（アブダビ経由）を利用する中東経由便です。乗り継ぎ時間を含めた所要時間は約14〜17時間。特にドバイやドーハからのシャトル便は本数が多く、スムーズな接続が期待できます。
また、フラッグキャリアであるオマーン航空を利用する場合、バンコク（スワンナプーム）やクアラルンプールを経由してマスカットへ入る東南アジア経由ルートも人気を集めています。オマーン航空は機内サービスの質が高く、ワンワールド・アライアンスへの加盟によってマイル積算や上級会員特典の利便性も一段と向上しました。
