日本神話の壮大なスケールや縄文時代からの信仰の連続性を語る上で、外すことができないのが出雲大社（島根県）と諏訪大社（長野県）です。
出雲大社は『国譲り神話』において、大国主大神が天照大御神（アマテラスオオミカミ）に国を譲る条件として「天津神の御子の住まいと同じような壮大な宮殿を造営してほしい」と要求したことが創建の由来とされています。古代には現在をはるかに凌ぐ巨大木造建築（高さ48メートルとも言われる高層社殿）がそびえていたことが近年の発掘調査で裏付けられ、神話と歴史が融合した最古級の社殿信仰を証明しました。
また、長野県の諏訪湖を取り囲む諏訪大社は、本宮に本殿がなく守屋山をご神体とする古い様式を残しているだけでなく、その祭祀の根底に縄文時代の自然信仰（ミシャグジ信仰）が色濃く残っています。7年に1度の「御柱祭」に見られる巨木への崇拝は、弥生時代や古墳時代の神社神道が成立するさらに前の、列島最古層の精神世界を現代に運ぶ生きた奇跡といえるでしょう。
