両者を分かつ最も分かりやすい特徴は、消化管を通過するスピードの差だ。ホエイプロテインは牛乳から乳清部分を精製したもので、水溶性が高く胃をすみやかに通り抜ける。摂取後およそ1時間から2時間で血中アミノ酸濃度がピークに達するため、トレーニングで傷ついた筋組織へ即座に栄養を届けたい局面では圧倒的な優位性を誇る。
これに対し、大豆を原料とするソイプロテインは消化吸収に5時間から7時間という長時間を要する。不溶性成分を含み胃内に長く留まるため、腹持ちが良く空腹感を感じにくい。減量中の間食防止や、就寝中のタンパク質枯渇を防ぐアプローチとしては、ソイの遅放性こそが武器になる。