閉院に際して最も大きな社会問題となったのが、患者に約束されていた「生涯保障（アフターケアプログラム）」の完全停止と前払い費用の返金トラブルです。神戸神奈川アイクリニックでは、術後の視力低下に対する再照射や定期検診を「無償で生涯サポートする」という手厚い保障体制を最大のセールスポイントとして集客していました。
しかし、医療法人社団健究会の破産に伴い、これらの契約上の権利は法的にすべて破棄される形となりました。手術費用を前払いしていた予約患者や、術後間もない経過観察が必要な患者に対して、個別の返金や金銭補償はほぼ行われませんでした。
日本の破産法において、患者の前払い金や保障権利は「無担保の一般破産債権」として扱われます。金融機関やリース会社などの優先的な債権者への配当が優先されるため、資産が枯渇した破産法人から一般患者へ十分な分配がなされる余地はありませんでした。当時、ネット上では「神戸神奈川アイクリニック被害者の会」などのコミュニティが立ち上がり、憤りの声が相次ぎましたが、法的な壁に阻まれ実質的な救済を得ることは極めて困難でした。
