一般的な病院機能に加え、大久保病院が全国的にも高く評価されているのが「心身障害者歯科」および「特殊歯科」の存在である。自閉症や重度の知的障害、脳性麻痺などを抱え、一般的な歯科クリニックでの受診が困難な患者に対して、専門的な歯科医療を提供している。
静脈内鎮静法や全身麻酔下での一括治療など、患者のストレスや負担を最小限に抑える高度な技術と設備が整備されている。受入れ枠を確保するための地域連携や予約システムの最適化も進められており、都内全域のみならず近隣県からも多くの患者が頼りを寄せる最後の砦となっている。