球団ごとの親会社資本や収益力によっても、ファーム首脳陣への投資額には明確な差が生じています。特に資金力と注目度で他を圧倒する伝統球団では、手厚い待遇が用意される傾向が顕著です。
巨人2軍監督年俸は球界トップクラスと目されており、将来の幹部候補やスターOBが就任する場合は推定2,500万〜3,500万円に達することが通例です。巨人は3軍制をいち早く確立した背景もあり、ファーム全体の首脳陣に対する年俸総額も他球団より一段高く設定されています。
熱狂的なファン層を抱える阪神2軍監督年俸も同様に高水準であり、推定2,000万〜3,000万円前後が相場です。ファーム施設への積極投資を進めるオリックスやソフトバンクなども、メジャー流の育成システムを導入するにあたり、指導力に長けたファーム監督へ高い報酬を支払う傾向を強めています。
過去の2軍監督最高年俸に目を向けると、1軍監督経験者や球団功労者が「総監督格」として2軍を率いた際に推定4,000万〜5,000万円に達した事例が知られています。ただし、これは極めて例外的な待遇であり、基本的には3,000万円が実質的な上限ラインとして機能しています。
