大学附属高校を選ぶ最大のメリットは、系列大学への内部進学ルートです。神戸学院大学の内部進学推薦基準は、高校3年間の評定平均値（内申点）、学内で実施される実力テストや基礎学力到達度試験の結果、および出欠・生活態度を総合して判定されます。
総合進学コースに所属していれば、極端な学力不振や欠席日数の超過がない限り、多くの生徒が法学部、経済学部、経営学部、人文学部、心理学部、現代社会学部、グローバル・コミュニケーション学部などの文系学部へ進学可能です。しかし、薬学部や総合リハビリテーション学部（理学療法・作業療法等）、栄養学部といった医療・理系人気学部については枠が限られており、学内選考のハードルは非常に高くなります。これらの学部を狙う場合は、1年次から定期テストでトップクラスの成績を維持しなければなりません。
高校全体の進学実績に目を向けると、卒業生の約半数から6割程度が神戸学院大学へ内部進学する一方、特進コース生を中心に国公立大学（兵庫県立大学、神戸市外国語大学など）や関関同立（関西学院大学、関西大学、同志社大学、立命館大学）、産近甲龍への合格者もコンスタントに輩出しています。付属大学のセーフティネットを確保しながら難関大一般受験に挑む「ハイブリッドな進路戦略」が取れる点も、本校ならではの強みです。
