接種を検討するにあたり、最も直視すべき指標は客観的な発生率です。厚生労働省の副反応検討部会が公表している厚生労働省 HPVワクチン 安全性データによると、定期接種として認可されているHPVワクチンにおいて、日常生活に支障を来すような「重篤な副反応」の報告頻度は極めて低水準にとどまっています。
具体的に子宮頸がんワクチン 副作用 確率を検証すると、1万回接種あたりの重篤な副反応報告数は約0.5〜0.9件（0.005〜0.009%）と推計されています。これは、日本国内で広く接種されている他の定期予防接種（麻しん風しん混合ワクチンや日本脳炎ワクチンなど）と比較しても突出して高い数値ではありません。
一方で、体内で抗体を効率的に産生させる免疫応答の過程で、局所的な一過性の反応は高い確率で生じます。主な副反応の発症傾向は以下の通りです。
- 注射部位の局所反応：痛み（80〜99%）、腫れ（40〜80%）、赤み（30〜50%）
- 軽度の全身反応：軽度の発熱（5〜10%）、倦怠感、頭痛、筋肉痛（10〜30%）
- 重篤とされる稀な症状：アナフィラキシー（約100万回に1〜5件）、ギラン・バレー症候群や急性散在性脳脊髄炎（ADEM）（約数百万回に1件程度）
「痛みが強いワクチン」であることは医学的事実ですが、数日以内に自然軽快する局所痛と、長期的な後遺症リスクを混同して評価することは避けなければなりません。
