日教組の活動に対して世論から最も厳しい視線が注がれたのは、現場教員の言動が自衛官の家族に及んだとされる一連のトラブルでした。
昭和から平成初期にかけて、一部の地域において「授業参観で親の職業を聞かれた際、自衛官家庭の児童が肩身の狭い思いをした」「教員から自衛隊を批判する直接的な言葉を投げかけられた」といった証言がメディアや国会で取り上げられました。こうした事案は、自衛隊員の子どもに対する偏見や差別につながる不当な扱いであるとして、国民的な反発を招くことになります。
日教組本部としては組織的に子どもへの差別を指導した事実を否定しているものの、過激な平和運動を進める一部の活動家教員の行動が「教育者の本分を逸脱している」と強く問題視され、組合離れや世論の信頼失墜を招く決定的な契機となりました。