ラティオスの通常色は、ジェット機を想起させる洗練されたコバルトブルーとホワイトのツートンカラーに、胸元の赤い三角形のエンブレムが特徴です。しかし色違い個体になると、ボディの青色部分が深みのあるエメラルドグリーン（青緑）へと大きく変化し、胸の三角形や瞳の色は赤から鮮烈なオレンジ（琥珀色）へと切り替わります。
なぜ緑色なのかという疑問に対しては、第3世代当時のカラーパレット設計や対となるラティアスとの対比が挙げられます。ラティアスが通常色の赤から色違いで黄金色（イエロー）へとシフトするのに対し、ラティオスは青から緑へと寒色・中間色系へシフトすることで、2匹を並べた際に美しく補完し合う絶妙なカラーリングにデザインされています。
メガシンカを遂げたメガラティオスの色違いも圧巻です。通常色のメガラティオスはラティアスと色が混ざり合ったような紫色になりますが、色違いの場合は原色よりもワントーン明るいミントグリーン（ライムグリーン）へと変化します。戦闘へ繰り出した際の存在感と特別感は、全伝説ポケモンの中でも屈指のクオリティを誇ります。
