日本相撲協会の最高意思決定機関は「理事会」です。協会トップに君臨する理事長は、外部理事を含む理事会メンバー（定数10名以上15名以内）の互選によって選ばれます。理事長は協会の代表権を持ち、本場所の開催決定、番付編成要領の承認、親方・力士・行司などの人事・賞罰に至るまで絶大な影響力を有しています。
役員組織図を見ると、理事長の下に事業部長、総合企画部長、審判部長、巡業部長、広報部長などの主要な職務を担う理事が配置され、その補佐として副理事や役員待遇委員が並びます。さらに外部の有識者（弁護士、元官僚、企業経営者など）が外部理事・外部監事として参画し、公益法人としてのガバナンス監視を担う建前となっています。
しかし、協会の実質的な権力基盤を決定づけるのは2年に1度行われる理事選挙です。相撲協会には「出羽海一門」「二所ノ関一門」「高砂一門」「時津風一門」「伊勢ヶ濱一門」という5大一門が存在し、年寄（親方）を中心とする評議員・年寄衆の持ち票（約105票）を一門ごとに配分して候補者を擁立します。過去には一門の枠組みを飛び越えた「造反劇」や派閥抗争が繰り広げられた歴史もあり、どの親方がどのポストを押さえるかによって、巡業の差配から審判部の采配まで組織の空気が一変します。
