日大山形の学術面における最大の特徴は、明確にターゲットを分けたコース制にあります。最難関国公立大や難関私立大を目指す「特別進学コース（特進コース）」と、日本大学への内部進学および他大学・短大・専門学校への進学を視野に入れる「普通進学コース」の2本柱で構成されています。
最新の模試データによると、日大山形 特進コースの偏差値は64〜66を推移しており、山形東高校や山形南高校などの公立トップ校と併願される実力派クラスです。少人数制による手厚い個別指導と放課後講習が組まれ、山形大学をはじめとする国公立大学、早慶上理、G-MARCHへの合格者を安定して輩出しています。
一方、進学コースの偏差値は50〜53程度となっており、部活動と学業を高い次元で両立させたい生徒が集まります。同コースからは日本大学の各学部への推薦進学が多数を占め、全国規模の総合大学が持つ多彩な学部・学科への門戸が開かれています。
