彼女のプライベートを語る上で欠かせないのが、俳優・柄本時生との結婚歴です。二人の出会いは2008年、ドラマ『太陽と海の教室』での共演でした。そこから約12年間にわたって「何でも話せる友人関係」を続けていましたが、2019年秋頃から急接近し、2026年2月16日、入来茉里の30歳の誕生日に婚姻届を提出しました。
しかし、祝福に包まれた結婚生活は約2年数ヶ月で幕を閉じ、2026年春に離婚が成立。芸能界屈指の個性派俳優一家（柄本明・角替和枝夫妻の次男）への嫁入りという華やかな話題性があっただけに、世間に大きな衝撃を与えました。
一部のネットメディアでは「名門一家のプレッシャー」や「すれ違い」といった憶測が飛び交いましたが、入来茉里の離婚理由について本人は「お互いの価値観や生活リズムを尊重した結果」であると明かしています。泥沼の争いや不貞行為による破局ではなく、互いの自立した人生を最優先にした円満な合意であったことが、双方の所属事務所の発表からも確認されています。
