森本毅郎氏の家族構成は、妻と息子（子供）からなる温かなご家庭です。森本氏は私生活を過度にひけらかすタイプではありませんが、メディアで時折語られるエピソードからは、家族に対する深い愛情と信頼が伝わってきます。
森本氏の妻は一般女性であり、フリー転身後の多忙なスケジュールや、後述する数々の病気療養の期間を陰で支え続けてきた最大の理解者です。食事管理や健康維持など、夫が長きにわたって生放送を続けられるよう献身的なサポートを行ってきました。
また、息子の職業についても一般の民間企業勤務とされており、メディア露出は控えています。森本氏自身、ジャーナリストとしての公私の分別を徹底しており、家族のプライバシーを大切に守り抜いています。なお、森本氏の実兄は著名な評論家・作家であった故・森本哲郎氏であり、知性派として知られる一族の血筋を受け継いでいます。
