深川不動堂を訪れた参拝者がまず息を呑むのが、本堂の外観を埋め尽くす巨大な深川不動堂 梵字壁です。黒と金色で構成された無数の梵字は、不動明王の真言（ノウマク・サンマンダ・バザラダン・センダ・マカロシャダ・ソワタヤ・ウン・タラタ・カン・マン）を幾重にも連ねて造形された現代仏教建築の傑作です。建物自体が巨大な結界であり、真言の波動を放つモニュメントとして機能しています。
さらに堂内へ進むと、参拝者を別世界へと誘う深川不動堂 祈りの回廊（通称：深川不動堂 クリスタル回廊）が姿を現します。
薄暗い回廊の両壁には、LEDの優しい光に照らされた約1万体のクリスタル五輪塔が整然と並び、荘厳かつ幻想的な光の小宇宙を形成しています。五輪塔の内部には小さな不動尊像が奉納されており、参拝者は手元の数珠玉に触れながら静かに歩を進めます。護摩祈祷の動的なエネルギー（火）とは対照的に、クリスタル回廊は静謐な瞑想空間（光と静寂）を提供しており、この「動と静の対比」が参拝者の精神を深いトランス状態と癒やしへと導きます。
また、旧本堂に安置されている樹齢500年以上の楠（くすのき）で彫られた「おねがい不動尊」は、日本最大級の木造不動尊坐像として知られ、直接触れて祈願できる貴重なスポットです。
