神戸市立博物館の魅力は展示品だけに留まりません。建物そのものが昭和10年（1935年）に竣工した旧横浜正金銀行神戸支店を増改築したものであり、平成10年（1998年）に国の登録有形文化財に登録された近代洋風建築の傑作です。正面に並ぶ巨大なドリス式円柱（新古典主義様式）は圧巻で、館内にも当時の重厚な意匠が色濃く残されています。
館内1階には、神戸を代表する洋菓子ブランドがプロデュースするカフェ「TOOTH TOOTH 凸凹茶房（デコボコサボウ）」が併設されています。洋食文化と和のエッセンスが融合したモダンな喫茶空間で、神戸名物のスイーツやオリジナルブレンドティー、軽食を提供しており、展示鑑賞後の余韻に浸るスポットとして口コミでも絶大な人気を博しています。
また、ミュージアムショップでは、ザビエル像をモチーフにしたユニークなオリジナル文具やアクリルスタンド、南蛮屏風に描かれた人物や動物をデザインしたテキスタイルグッズなど、ここでしか手に入らない限定アイテムが多数展開されています。知的な神戸土産としても好評です。
