矢作有紀奈を語る上で欠かせないのが、実の妹である矢作萌夏（やはぎ もえか）の存在です。矢作萌夏は「第3回AKB48グループ ドラフト会議」を経てAKB48に加入し、加入から異例のスピードでシングル『サステナブル』の単独センターを務め、ソロコンサートを開催するなど「AKB48の救世主」と称されました。
二人は「矢作姉妹」としてファンの間で絶大な知名度を誇り、48グループの垣根を越えたコラボレーションやツーショット写真が公開されるたびに大きな話題を呼びました。姉である有紀奈の落ち着いたお姉さん気質と、妹である萌夏の天真爛漫でアイドル性の高いキャラクターは絶妙なコントラストを生み出し、ファンから愛される要因となっていました。
現在、妹の矢作萌夏はシンガーソングライターとして楽曲リリースやライブ活動を精力的に行っています。関係者やファンの目撃証言によると、二人の姉妹仲は現在も非常に良好であり、萌夏のライブ会場に家族として姿を見せたり、プライベートで食事を共にしたりする様子が時折妹のSNSやインタビューのこぼれ話として示唆されています。芸能界で自分を表現し続ける妹と、医療の現場で人々の健康を支える姉。異なるステージにいながらも、互いを深くリスペクトし合う絆は今も変わっていません。
