STAP細胞騒動が日本の科学界に与えたダメージは甚大だった。特に生命科学および再生医療の分野では、研究論文に対する審査体制やデータ改ざん防止策の大幅な強化が余儀なくされた。理化学研究所をはじめとする主要研究機関は、ガバナンス改革と倫理教育の徹底を推し進めることとなった。
しかし、騒動から時間が経過した現在、日本の再生医療研究はiPS細胞を中心に確かな進歩を遂げている。医療の現場では臨床応用が進み、難病治療への希望が現実のものとなりつつある。過度のバッシングと混乱の影で一時的に停滞したかのように見えた日本の生命科学研究だが、制度的な透明性を高める形で再構築が進んだ。
刺激誘発性多能性獲得（STAP）という概念自体は否定されたものの、細胞の初期化やストレス応答に関する基礎研究は世界中で形を変えて続けられている。過ちを繰り返さないための教訓は、現在の研究者たちの倫理観の中に深く組み込まれている。
