新幹線や特急が発着するJR長崎駅から軍艦島コンシェルジュの集合場所（軍艦島デジタルミュージアム）へのアクセスは、路面電車・路線バス・タクシーの3つの移動手段があります。旅程のスケジュールや荷物の量に合わせて最適なルートを選択してください。
最も定番でコストパフォーマンスに優れているのが、長崎名物の路面電車（長崎電気軌道）を利用するルートです。
長崎駅前電停から「1号系統（崇福寺行き）」に乗車し、主要乗換駅である「新地中華街」電停で下車します。そこで「5号系統（石橋行き）」へ乗り換え、最寄り駅となる「大浦海岸通り」電停で下車してください。電停からは海沿いとグラバー通り方面へ向かって徒歩約2〜3分でミュージアムへ到着します。乗車時間は乗り換えを含めて約15〜20分、運賃は大人1回140円と非常にリーズナブルです（交通系ICカード全国相互利用対応）。
乗り換えなしでダイレクトに向かいたい場合は、長崎バスの利用も便利です。長崎駅前南口または東口バス停から「田上」「大浦経由」方面行きのバスに乗車し、「メディカルセンター」または「大浦海岸通り」バス停で下車すれば徒歩数分でアクセスできます。
グループ旅行や手荷物が多い場合、あるいは時間に余裕がないときはタクシーの利用が最適です。長崎駅前タクシー乗り場から乗車した場合、所要時間は約8〜10分、運賃は1,200円〜1,500円前後が目安となります。運転手には「松が枝町の軍艦島デジタルミュージアムまで」と伝えれば迷うことなく建物の目の前まで案内してもらえます。
