住民税決定通知書を見て「控除額が寄附した金額より明らかに少ない」と勘違いしてしまう最大の原因は、申請方法による控除ルートの違いを把握していない点にあります。
利用した申請方式ごとに、通知書上で確認すべき金額の計算式が根本から異なります。
① ワンストップ特例制度を利用した場合
ワンストップ特例を利用した人は、所得税からの還付は一切発生せず、控除の全額が住民税から差し引かれます。
そのため、計算式は非常にシンプルです。
住民税の寄附金税額控除額 ＝ 寄附金合計額 － 自己負担2,000円
通知書の控除額（または摘要欄の記載額）がこの数値とピッタリ一致していれば満額控除されています。
② 確定申告（e-Tax等）を行った場合
医療費控除や事業所得の申告などで確定申告を行った場合、控除は「所得税の還付」と「住民税の減額」の2段構えで実行されます。
所得税分は申告後（3月〜4月頃）に指定口座へ現金で還付され、残りの金額が6月以降の住民税から引かれます。
所得税からの還付額 ＋ 住民税の寄附金税額控除額 ＝ 寄附金合計額 － 自己負担2,000円
確定申告書の控えにある「還付される税金」と、住民税決定通知書の「寄附金控除額」を足し算して初めて、自己負担2,000円を除いた全額に到達します。通知書単体の数字だけを見て「足りない」と早合点しないよう注意が必要です。
