ワクチン接種に対して否定的な立場を取る人々の理由は、単一の感情論ではなく、いくつかの具体的な論点に分かれています。その根底にあるのは、未知の医療技術に対する警戒感と、行政や医療機関への不信感です。
代表的な論点のひとつが、mRNAワクチンの長期的な影響に対する不安です。従来の不活化ワクチンや生ワクチンと異なり、遺伝情報を投与して体内で抗原タンパク質を作らせる仕組みに対して、「数年後、数十年後の人体にどのような影響が出るか検証されていない」という指摘が根強く存在します。特に若年層や子どもへの接種に慎重な層からは、将来的な生殖機能や自己免疫疾患への関与を懸念する声が上がっています。
また、自然免疫と抗体価のバランスに着目する意見も少なくありません。ワクチンによって一時的に特異的な中和抗体を高めることばかりが優先され、人間が本来持っている自然免疫の働きが損なわれるのではないかという仮説や、短期間での頻回接種による免疫寛容（免疫系が抗原に反応しなくなる現象）のリスクを警戒する専門家や一般層も存在します。
さらに、治験期間が大幅に短縮された「特例承認」であったことや、製薬企業が免責条項を結んでいる点に対する不公平感も、不信感を増幅させる要因となりました。絶対的な反対を掲げるグループだけでなく、「リスクとベネフィットを冷静に天秤にかけたい」と考えるワクチン慎重派の主張も含め、十分な説明や検証がなされていないと感じる人々が慎重な姿勢を崩していません。
