アンパンマン列車の運行ダイヤは、定期特急列車として毎日運行されている便と、運転日が限定される臨時列車がある。計画を立てる際は最新の時刻表確認が欠かせない。
特に注意が必要なのが「瀬戸大橋アンパンマントロッコ」だ。トロッコ車両は安全管理および気象条件の関係上、主に春から秋にかけての週末や夏休み期間を中心とした運転スケジュールとなっている。また、定期点検による運休や、通常車両での代替運行日も事前に発表されるため、JR四国の公式サイトや最新のWebダイヤ情報を確認することが必須となる。
乗り継ぎのタイムロスをなくすためには、岡山駅や高松駅での接続時間をゆったりめに確保しておくこともポイントだ。子ども連れの移動では予想外のトイレ休憩や移動時間がかかるため、時刻表通りのタイトなスケジュール組みは避けるのが賢明だ。