陽菜を救い出した後、帆高は逮捕されて保護観察処分となり、故郷の神津島へ送還されて高校生活を送ることになります。それから3年の月日が流れた2026年春、高校を卒業して19歳になった帆高は、大学進学を機に再び東京へと戻ってきます。
降り続いた雨により、かつての下町エリアは広大に水没し、東京の街並みはかつて江戸時代以前がそうであったような水上都市へと変貌を遂げていました。久しぶりに再会した須賀や立花冨美（『君の名は。』の立花瀧の祖母）から、「世界は最初から狂っていた」「勝手に世界を変えたなんて自惚れるな」と言葉をかけられた帆高ですが、胸の底では違和感を抱き続けます。
そして物語のラスト、水没した街を見下ろす坂道の上で、祈りを捧げていた陽菜と奇跡の再会を果たします。大人へと成長した陽菜の姿を見た瞬間、帆高は確信します。世界が狂ったのを偶然のせいにして誤魔化すのではなく、「僕たちはあの時、確かに自分自身の手でこの世界を選んだのだ」と。
「陽菜さん、僕たちはきっと、大丈夫だ」という最後の一言は、変わり果てた世界の中で罪悪感を背負いながらも、二人で手を取り合って生きていくという力強い宣誓に他なりません。
新海誠監督が明かした裏設定によれば、この東京の降雨は気象操作や魔法の類ではなく、地球が本来持っている数千・数万年単位のダイナミックな気候変動のサイクルがたまたま重なった結果でもあります。「少年一人の決断で地球が滅びるわけではないが、少年少女にとっては自らの選択こそが世界のすべてである」という多層的な構造が組み込まれているのです。
