家づくりの計画時には誰もが目を背けがちですが、住宅ローンの完済よりも先に確実に訪れるのが「親世帯の高齢化と死別」です。入居から20年、30年が経過したとき、二世帯住宅は極めて厄介な不動産問題へと変貌します。
多くの施主が直面するのが、親世帯死亡後の空き家問題です。親が他界した、あるいは施設へ入居したことで、建物の半分が突然まるごと空室になります。「他人に賃貸として貸し出せば家賃収入になる」と安易に考えていた人々の前に、厳しい現実が立ちはだかります。赤の他人と同じ屋根の下、壁一枚隔てただけの空間に住まわせる心理的抵抗感は大きく、一般的な単身向けアパートのような賃貸需要とも噛み合いません。さらに、給湯器や内装のリフォーム費用に数百万円が必要となるため、放置されたまま固定資産税だけを払い続ける「開かずの間」と化してしまうのです。
さらに深刻なのが、二世帯住宅の将来売却と資産価値の目減りです。中古住宅市場において、二世帯住宅は「最も買い手がつきにくい物件」の代表格とされています。一般のファミリー層にとって、水回りが2つある大きな家は維持費もリフォーム費用も過大であり、購入候補から真っ先に除外されます。結果として、近隣の単世帯住宅相場よりも15〜25%ほど安く買い叩かれるか、更地にするための高額な解体費用（2026年時点では人件費と廃材処分費高騰により300万〜500万円超）を差し引かれて土地値以下で手放す羽目になります。
税制面における落とし穴も見逃せません。二世帯住宅の固定資産税と相続税対策として活用される「小規模宅地等の特例（敷地の評価額を最大80%減額）」ですが、建物を「区分登記（親世帯と子世帯で法的に別個の所有権を登記）」にしてしまうと、要件が厳格化され、親世帯の敷地部分に特例が適用できなくなるという致命的な失敗例が多発しています。相続税を圧縮しようとして完全分離型を建てたにもかかわらず、登記のやり方を誤ったばかりに数千万円単位の追徴課税に直面するリスクを抱えているのです。
