この事件を深く理解する上で避けて通れないのが、当時の比叡山が抱えていた深刻な世俗化と武装の実態です。比叡山焼き討ちをわかりやすく解説する際、しばしば「無抵抗の修行僧を武力で蹂躙した」と捉えられがちですが、これは中世寺社勢力の実態を見誤った認識と言わざるを得ません。
平安時代末期から戦国時代にかけて、比叡山延暦寺は数千人規模の僧兵集団を擁し、自らの要求を通すために神輿を先頭に担ぎ出して朝廷や幕府を威嚇する「強訴」を繰り返してきました。さらに、山麓の坂本は琵琶湖水運と京都を結ぶ流通の要衝であり、延暦寺は莫大な関銭（通行税）を徴収し、土倉や酒屋を営んで高利貸しを行うなど、強大な経済利権を握る財閥でもあったのです。
当時の記録文書やルイス・フロイスの『日本史』には、戒律を無視して酒肉を食らい、女色に溺れ、蓄財と軍備増強に狂奔する当時の僧侶たちの乱脈ぶりが克明に記されています。仏道修行の根本道場たる威厳は失われ、実態は軍事・経済・政治が癒着した武装封建領主へと変貌していました。
信長が断行した比叡山延暦寺焼き討ちの真相とは、神聖不可侵の仮面を被りながら世俗権力として君臨していた中世的既得権益層に対する、中央集権化を目指す統一権力からの容赦なき「武装解除令」であったといえます。
