杜撰な融資のツケは、瞬く間に経営数値を直撃しました。開業からわずか2期目となる2007年3月期決算で、新銀行東京は約936億円の累積赤字を計上。東京都が投じた当初出資1000億円の資本金はほぼ消滅し、債務超過寸前の事態へと転落します。
融資残高に対する不良債権額は急増し、不良債権比率は20%〜30%超という、通常の商業銀行ではあり得ない壊滅的な水準に達しました。貸し出した資金の3割近くが回収不能に陥った計算です。
2008年、破綻処理を行えば出資金1000億円が全額焦げ付くだけでなく、融資先企業の連鎖倒産を引き起こすとして、石原都政は議会の猛烈な反発を押し切って400億円の追加出資を強行しました。これにより東京都からの投入資本は累計1400億円に達し、「都民の税金をドブに捨て続けるのか」という批判が日本中を駆け巡ることになりました。