本作の本格ミステリー部分を牽引するのが、古美術品専門の盗難グループ「源氏蛍」のメンバーが次々と殺害される連続殺人事件です。犯人はグループ内で弁慶を名乗っていた西条大河（古書店店主）でした。
事件の発端は、源氏蛍が山能寺から盗み出した秘仏「薬師如来像」にありました。西条大河の犯行動機は、自らが学んだ義経流の古武術道場を京都に開くための莫大な資金源として、薬師如来像を独占し密売することでした。さらに彼は、グループの頭領である義経が亡くなったことを機に、他のメンバーを次々と殺害して仏像の隠し場所を示す絵の暗号を独り占めしようと企てたのです。
物語は、京都の歴史に深く刻まれた源義経と武蔵坊弁慶の伝承を巧みになぞらえて進行します。五条大橋でのコナンと平次の出会いや、鞍馬寺の僧正ガ谷での立ち回りなど、義経・弁慶ゆかりの地で繰り広げられるアクションと推理劇は、歴史ファンをも唸らせる重厚なサスペンスを生み出しています。
