プライベートでは波乱の時期も経験した薬師寺ですが、現在は穏やかで充実した家庭環境を築いています。18年間連れ添った前妻との離婚を経て、2026年12月に18歳年下の一般女性・千晶（ちあき）さんと再婚を果たしました。
結婚発表時には、その端正な顔立ちと洗練された雰囲気がメディアで大きな話題となりました。バラエティ番組等で夫婦共演を果たした際にも、薬師寺を巧みにサポートする良妻ぶりが視聴者から絶賛されています。食生活の徹底的な管理や日々のコンディションづくりなど、元世界チャンピオンの健康を陰で力強く支えているのが千晶さんです。
前妻との間に生まれた子供たちとも良好な関係を保ちつつ、新たな伴侶とともに歩む現在の生活は、まさに公私ともに円熟期を迎えていると言えます。
