栄華を極めた丸源産業でしたが、バブル崩壊後のデフレ期に入るとその歯車が狂い始めます。家賃収入の減少やテナントとのトラブルに加え、川本氏の強引な経営手法に対する丸源産業の評判は業界内でも賛否が分かれるようになりました。
決定的な転機となったのが、2013年に起きた東京地検特捜部による強制捜査です。これが世間を震撼させた丸源産業の事件の経緯の幕開けでした。川本氏は、関連会社を通じて不動産売却益などを隠し、約10億円の法人税を脱税した容疑（法人税法違反）で逮捕・起訴されました。
裁判では無罪を主張し続けたものの、最高裁まで争った末に懲役の実刑判決と巨額の罰金刑が確定。高齢となった川本氏は収監されることとなり、事実上トップを失った丸源産業の統制は完全に崩壊しました。さらに国税当局による巨額の追徴課税と物件の差し押さえが相次ぎ、かつての不動産帝国は急速に求心力を失っていきました。
