有楽町駅乗り換えを実行する際、ネット上の情報で最も混乱が見られるのが運賃計算と改札の通過方法です。結論から言うと、「SuicaやPASMOなどの交通系ICカードで自動改札機にタッチして出場してはならない」という点が鉄則となります。
JR東日本の旅客営業規則上、本来は東京駅の改札内を通って乗り換えるべき区間において、有楽町駅での一時出場を公認する改札外乗り換え特例ルールが存在します。しかし、この特例は自動改札機のシステムには組み込まれていません。ICカードを自動改札機に直接タッチして出場してしまうと、システムは「有楽町駅で旅程を一度終了した（下車した）」と判定し、その時点で運賃が打ち切られます。その結果、京葉線に乗る際に再び初乗り運賃が差し引かれ、運賃の二重払い（割高な初乗り合算）が発生してしまいます。
運賃を通算させ、追加料金を発生させないための正式な手続きは以下の通りです。
【正しい乗り換え手順】
1. 有楽町駅の「京橋口」または「国際フォーラム口」の有人改札窓口（改札案内所）へ進む。
2. 駅係員に「京葉線へ乗り換えます」と口頭で申告する。
3. 乗車券（きっぷ）の場合は途中下車印または「特例票（乗換案内票）」が交付され、ICカードの場合は係員端末にて出場処理（または専用の乗り換え証明書の発行）が行われる。
4. 京葉地下丸の内口改札へ到着後、再度有人改札窓口へ進み、係員に申告して入場する。
なお、東京都区内発着の長距離乗車券や、東京・有楽町を含む定期乗車券を所持している場合は、自動改札機にタッチして途中下車しても運賃上の不利益は生じません。自身が利用している乗車券の種別を事前に確認しておくことが重要です。
