多くのプレイヤーが一度は抱く疑問が、「伝説のポケモンと幻のポケモンは何が違うのか」という点です。ファンコミュニティでの呼び分けだけでなく、株式会社ポケモンおよび任天堂による公式定義において両者は明確に区別されています。
最大の相違点は「ゲーム内での通常入手が可能かどうか」です。パッケージを飾るコライドンやミライドン、あるいは各地の遺跡や祠に眠る準伝説ポケモンたちは、ソフト単体を購入してシナリオを進めれば誰でも遭遇・捕獲できるように設計されています。対して幻のポケモンは、劇場版映画の特別前売券、公式大会への来場、期間限定の「ふしぎなおくりもの」といったソフト外部からの特別なアプローチがなければ手に入らない存在として設計されてきました。
対戦レギュレーションにおける扱いも異なります。ランクバトルにおいて、伝説のポケモンは「禁止級伝説（特別ルールで1〜2体参加可能）」や「準伝説（通常参加可能）」として環境の中心に組み込まれますが、幻のポケモンは原則として公式のランクマッチでは使用不可に指定されます。その圧倒的な希少性と特殊な専用技の存在ゆえに、公式大会の公平性を保つための独立したレギュレーションが適用されているのです。
