専門性の高い機材や実機を取り扱うため、保護者や受験生にとって最も現実的な関心事となるのが中日本航空専門学校の学費です。
初年度納入金は学科により異なりますが、概ね約140万円〜160万円前後（入学金、授業料、施設設備費、実習費等を含む）が標準的な目安となります。これらに加えて教科書代、工具セット代、制服代などの諸費用が必要となりますが、大学の理工系学部で4年間学ぶ総費用と比較した場合、短期間で集中して国家資格を取得し早期就職できるコストパフォーマンスの高さがあります。
経済的負担を軽減するための中日本航空専門学校の奨学金制度も多層的です。日本学生支援機構（JASSO）の奨学金や高等教育の修学支援新制度（授業料減免・給付型奨学金）の対象校であるほか、名鉄グループの支援を背景とした特待生制度や独自の学費分納制度が整備されており、学ぶ意欲を持つ学生へのセーフティネットが敷かれています。
