水口高校のアイデンティティを語る上で外せないのが部活動の存在感です。特に水口高校サッカー部の成績は、滋賀県の高校サッカー史を語る上で欠かせない輝かしい歴史を持っています。
全国高校サッカー選手権大会への出場歴を誇る古豪であり、かつては滋賀県代表として全国の舞台で数々の名勝負を繰り広げました。現在も滋賀県立野洲高校や近江高校、草津東高校といった強豪私学・県立実力校がひしめく滋賀県大会において、ベスト8やベスト4に食い込む粘り強い戦いを展開。人工芝グラウンド等の設備面で優位に立つ私立校に対抗すべく、組織力と献身的な走力を武器にした伝統のプレースタイルを受け継いでいます。
また、体育系では滋賀県内でも極めて珍しい「馬術部」が存在し、国体やインターハイで上位入賞を果たすなど全国区の実績を挙げています。文化系においても吹奏楽部や美術部が地域イベントで演奏・出展を行うなど、地域社会との結びつきが非常に強い点も特徴です。
こうした活力ある校風を反映するように、水口高校出身の有名人にはスポーツ界や実業界で活躍する人物が名を連ねています。元Jリーガーで指導者として活躍した美濃部直彦氏をはじめ、プロサッカー選手や指導者を複数輩出。さらに地元甲賀市を支える行政幹部や企業経営者、文化人など、地域社会の中枢を担う人材を数多く送り出しています。